Die Entstehung von Zahnstein hängt zum größten Teil mit der Speichelzusammensetzung zusammen. Manche Menschen besitzen viel Zahnstein, auch unter dem Zahnfleisch, andere eher weniger. Hauptsächlich entsteht Zahnstein an den Orten, an denen die Speicheldrüsenaustrittspunkte sind. Das ist zum einen die Unterkieferfront, bei der unter der Zunge im Mundboden Speicheldrüsen liegen und seitlich an den Oberkieferseitenzähnen; dort ist der Austrittspunkt der Ohrspeicheldrüse. Es handelt sich bei Zahnstein um mineralisierte Plaque.
Eine Entstehung von Plaque sieht folgendermaßen aus:
Es kommt zur Anlagerung von Bakterien auf der Zahnoberfläche. Durch Sezernierung (Sekretabgabe der Speicheldrüsen) bildet sich um die Bakterienanlagerung eine Vernetzung. Es kommt zum Wachstum der Bakterienfloren. Durch Ablösung oberflächlicher Bakterien kommt es zum erneuten Zyklus.
Es wird unterschieden zwischen dem supragingivalen (oberhalb des Zahnfleisches liegenden) Zahnstein, der sich an den Unterkieferfrontzähnen und Oberkieferseitenzähnen anlagert. Er weist eine gelbliche braune Farbe auf und entsteht aus den Mineralien des Speichels. Die Haftung ist mäßig und die Entstehung schnell.
Der subgingivale (unterhalb des Zahnfleisches liegende) Zahnstein findet sich bei zahnfleischgeschädigten Zähnen in den Zahnfleischtaschen. Er hat eine dunkelbraun-schwarze Färbung und sehr feste Haftung am Zahn. Eine Entstehung aus dem Sekret der Tasche ist sein Hintergrund. Er entwickelt sich langsam.